由国家九部门印发的《关于建立国家基本药物制度的实施意见》（下称《实施意见》）、《国家基本药物目录管理办法（暂行）》（下称《管理办法》）以及以卫生部69号令形式发布的《国家基本药物目录（基层医疗卫生机构配备使用部分）》（2009版），于8月18日同时发布，国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室当日召开电视电话会议，宣布启动和部署国家基本药物制度工作。
《实施意见》中提出了国家基本药物制度推进的目标：2009年，每个省（区、市）在30%的政府办城市社区卫生服务机构和县（基层医疗卫生机构）实施基本药物制度，包括实行省级集中网上公开招标采购、统一配送，全部配备使用基本药物并实现零差率销售。基本药物全部纳入基本医疗保障药品报销目录，报销比例明显高于非基本药物。到2011年，初步建立国家基本药物制度。到2020年，全面实施规范的、覆盖城乡的国家基本药物制度。
对于行业广泛关注、对行业影响较大的基本药物的生产流通、招标采购等环节，《实施意见》指出，政府举办医疗机构使用的基本药物，由省级人民政府指定机构按《招标投标法》和《政府采购法》的有关规定，以省为单位实行网上集中采购；由招标选择的药品生产企业、具有现代物流能力的药品经营企业或具备条件的其他企业统一配送，药品配送费用经招标确定；其他医疗机构和零售药店基本药物采购方式由各地确定。基本药物将全部纳入政府定价范围。
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